为进一步推动863项目“高性能计算化学应用系统”的建设，切实发挥牵头单位的整体协调与开发作用。11月19日下午，北京大学乔学斌博士应“计算化学虚拟实验室”的邀请来网络中心作了题为 Highly Scalable Algorithms for Molecular Dynamics Simulation 的学术报告。学术报告吸引了包括计算化学开发团队所有成员、超算中心技术支持部从事并行计算开发及学科应用的技术人员十多人参加。

    报告由孙衍华主持，她首先介绍了乔学斌博士的背景情况。乔学斌博士毕业于北京大学化学与分子工程学院计算化学专业，师从于著名计算机辅助药物分子设计专家徐筱杰教授，至今发表SCI论文数十篇。在著名的教科书《计算机辅助药物分子设计》一书的编著工作中担任主要章节的撰写工作。接下来，乔学斌博士在他的报告中介绍了分子动力学模拟原理并重点讲述了该领域中最前沿的软件Desmond的背景、原理、实现方法以及针对大规模并行计算所做的程序优化及测试结果。Desmond采用基于中点法(Midpoint method)的区域分解方法并减小单一时间步内不同CPU之间的通讯量；此外，它还在保证精度的基础上采用了新的数值方法进行单精度的计算。因此，Desmond在运行于基于通用CPU的超级计算机上的计算任务中获得了较好的可扩展性，目前已实现使用2048CPU的大规模生物分子MD计算。

    报告后，大家就报告中所提及的中点法的原理及其在其他相近领域进行应用的可行性进行了热烈的讨论。此次报告会针对分子动力学实际应用中的并行技术问题，通过报告及讨论大大促进了并行编程人员与领域应用开发人员的交流与相互了解，将对我中心今后的程序开发、优化和应用工作大有裨益。

    2008年11月20日

    (计算化学虚拟实验室供稿)