生物信息学高性能计算培训开班

作者: 2010-11-22 15:58 来源:计算机网络信息中心
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2010年11月22日,由中科院计算机网络信息中心超级计算中心主办的为期三天的“生物信息高性能计算培训班”拉开帷幕,来自中科院生物物理所、微生物所、动物所、昆明分中心、北京交大等院所高校及博奥芯片公司约45名学员参加了本次培训。

本次培训主要围绕如何搭建并使用超级计算环境、如何并行优化生物信息学软件展开,为超算生物信息计算平台SCBG的使用进行推广并寻求可能的合作。培训将为院三层架构生物用户使用超算中心开发的网格软件SCE打开通道,同时,使学员在短暂的三天内通过上机实战,掌握并行计算环境的搭建、并行软件的安装使用,以及串行软件利用MPI并行优化的策略与程序编写方法,并了解高性能计算前沿的GPU加速技术及CUDA编程架构,为学员自学CUDA编程提升兴趣。

培训开幕式由超算中心副主任陆忠华研究员致辞,勉励学员紧跟培训步伐,积极参与。随后,阚圣哲工程师为学员讲解了《Linux并行计算编译环境搭建》;针对生物信息学方向,郎显宇博士通过上机操作,讲解了《常用生物信息学软件安装与使用》。在学员与讲师边讲边互动中,学员随时解决了问题。曹荣强博士分享了《超级计算环境SCE》。未来两天,学员将深入学习如何编写MPI并行程序,并通过例程体会并行计算对于高通量生物信息学问题的解决思路。

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