11月28日，由中国科学院计算机网络信息中心超级计算中心主办的“2011年中国科学院超级计算中心分子模拟软件CHARMM和GROMACS讲习班”在中国科学院计算机网络信息中心拉开帷幕。来自清华大学、北京师范大学、中国科学院武汉物理与数学研究所、中国科学院化学研究所、中国科学技术大学、中国科学院理论物理研究所等近三十家院内外研究所和高校的近六十位学员参加此次培训。

开幕式上，由中国科学院计算机信息中心超级计算中心主任迟学斌研究员致开幕辞。他对广大学员表示了热烈的欢迎并对广大年轻学子和青年科学家提出了殷切期望，希望他们奋发图强，锐意进取，改变目前国产自主知识产权高性能分子模拟软件欠缺的局面。随后，超级计算中心金钟博士向广大学员介绍了中国科学院超级计算环境、超级计算中心和计算化学虚拟实验室自主研发的、基于网格的计算化学可视化软件GridMol。

本期培训班为期三天，由中国科学院大连化学物理研究所李国辉研究员、沈虎峻副研究员、清华大学物理系李启楷教授、中国科学院高能物理研究所李敬源研究员和超级计算中心资深讲师担任主讲教师。培训内容包括分子模拟理论介绍、CHARMM和GROMACS软件理论知识和软件使用方法、CHARMM和GROMACS软件安装编译、SCE网格使用环境介绍、中国科学院超级计算环境使用介绍、CHARMM和GROMACS软件应用实例介绍和上机实践。此次培训安排了大量“深腾7000”上机实践操作，通过理论与实践结合，使广大学员加深对理论知识的理解并增强运用实际计算手段的能力。

CHARMM是一个被广泛承认并应用的分子动力学模拟程序，用于生物大分子的模拟，包括能量最小化，分子动力学和蒙特卡罗模拟等。程序采用由哈佛大学的Martin Karplus教授建立的CHARMM力场，可以为用户提供处理各种小分子、大分子（包括蛋白质、核酸和糖）的经验化能量计算。GROMACS是用于研究生物分子体系的分子动力学程序包。它可以用分子动力学、随机动力学或者路径积分方法模拟溶液或晶体中的任意分子，进行分子能量的最小化、分析构象等。

通过本次培训中主讲老师的讲解和积极有效的讨论，学员们对分子模拟软件CHARMM和GROMACS的使用有了一定程度的掌握。并且通过上机实习和应用实例介绍，广大学员对分子模拟理论基础理论知识与计算的结合有更深入的理解和认识，在今后的科研事业中，能够更好的通过模拟计算来指导实验。