1999年

4月26日，中国科学院科学数据库专家委员会和计算机网络信息中心提出《关于建立“基于科学数据库的知识创新科研环境”的建议》。其总体目标是建立支持科学研究的基础数据积累和现代化的科学研究环境。

10月8日，《若干计算机网络安全关键技术研究与产品开发》项目获1999年中国科学院科技进步一等奖。

10月，向社会推出大型科普网站——中国科普博览。

12月，召开的全国科学普及工作会议上，计算机网络信息中心被科学技术部、中共中央宣传部、教育部、中国科学技术协会联合命名为“全国青少年科技教育基地”，并授予“全国科普工作先进集体”称号。

12月，《中关村地区教育与科研示范网主干网》项目获1999年国家科技进步三等奖。

2000年

4月，CSTNET以155M接入国家互联网交换中心北京点，完成与国内其他九大互联网的互连互通。

5月，CSTNET承办了中美高级网络研讨会CANS’2000。

5月，与美国INTERNET2机构美国大学先进互联网开发联盟(UCAID)签订了关于合作开发下一代互联网技术与应用的谅解备忘录。

7月，中科院下发《关于调整院信息化工作领导小组办公室的通知》（院科发技字﹝2000﹞0319号），决定由中国科学院计算机网络信息中心承担院信息办的职能，在信息化领导小组的领导下负责全院信息化工作的规划和协调，同时任命中国科学院计算机网络信息中心主任阎保平同志兼任院信息办主任。

9月，中国科学院决定将院机关网络中心整建制并入中国科学院计算机网络信息中心，成立OA技术与应用研究室，继续为院机关各部门提供信息服务与技术支撑。

11月，CSTNET国际出口带宽升级至55兆。