2001年

1月3日，《计算机网络安全关键技术研究与产品开发》项目获2000年国家科技进步二等奖。

6月，CSTNET开通与CHINANET的155兆直连信道。

12月，中国科学院“十五”信息化建设重大专项子项目《科学数据库及其应用系统》方案通过可行性论证，项目正式启动。

2002年

1月，中国科学院计算机网络信息中心进入中国科学院知识创新工程，战略定位为：中国科学院信息化建设、运行与服务的支撑机构和下一代互联网络技术的研发基地。

1月，中国科普博览承担的“中国科学院知识创新工程‘十五’信息化建设专项”重点项目“中国科普博览系统”项目正式启动。

3月，圣地亚哥超级计算中心（SDSC）主任Fran Berman 在加州大学圣地亚哥分校(UCSD)与中国科学院计算机网络信息中心(CNIC)签署了建立广泛合作的备忘录，合作包括网格计算、高性能计算、计算科学和工程应用。

3月，在A&M大学建立“中国科普博览”北美镜像站点，与美国德克萨斯A&M大学为主的一些单位共同发起“China-US Virtual Science Center”的建设，全面进行中美网络科普资源、科学教育平台和科学研究平台三个层面的共建与共享。

3月，作为创始成员参加了“环太平洋网格中间件与应用联盟”（PRAGMA）。此后，积极组织和推动了与美国、日本、韩国、新加坡、澳大利亚、泰国、台湾等国家和地区在网格技术和应用方面的广泛交流，并结合“科学数据网格”等项目开展了密切的合作。

4月，与美国俄亥俄州立大学生物信息与功能基因组学科签署“中美国际合作协议书”，共同研究“关于大鼠基因组图谱组装和功能分析以及算法与超大规模计算问题研究项目”。

10月，院“十五”信息化项目《院网升级改造》方案通过可行性论证，项目正式启动。

11月，根据计算机网络信息中心在知识创新工程中“成为下一代互联网技术研发基地”的定位，正式成立网络技术与应用研究室。

12月，参加研究开发的国家自然基金委项目“中国高速互联研究试验网”获2002年度北京市科技进步二等奖。