2003年

3月，院“十五”信息化项目《超级计算及其应用系统实施方案》通过可行性论证，项目正式启动。

5月，院“十五”信息化项目《视频会议应急系统》开通汇报暨抗击SARS联合攻关工作通报协调会。路甬祥、陈宜瑜、白春礼、陈竺、郭传杰、王德顺、何岩等在京的院领导，以及办公厅、生物局和高技术局的有关领导和负责同志在院机关主控节点709会议室出席会议，江绵恒副院长和施尔畏秘书长在上海药物所现场参加了此次会议，会议由陈竺副院长主持。

7月，CSTNET完成广州、上海、武汉、昆明、长春、合肥、兰州、沈阳、成都、西安、新疆、南京等12个分院的系统联调，至此中国科学院12个分院视频会议系统全面开通。

7月，CSTNET实现12个分院骨干网信道的全面升级。

12月，计算机网络信息中心引进国产联想深腾6800 Cluster超级计算机，峰值浮点性能每秒5万亿次。

2004年

1月，中国科学院副院长江绵恒与美国、俄罗斯代表在北京共同按下按纽，宣布了“中美俄环球科教网络（GLORIAD）”正式开通。CSTNET为其先进应用继续提供高速带宽支持，致力于组织并推动多学科交叉的应用开发和资源共享。

1月，中共中央政治局常委、国务院总理温家宝于17日来到中国科学院视察了“中国科学院创新工程计算机与网络成果汇报展览”，届时听取了由中国科学院计算机网络信息中心主任阎保平博士所做的有关中国科学院信息化建设支撑平台建设情况的汇报。

2月20日，中国科普博览从3040个网站中脱颖而出，在人民大会堂被授予“中国优秀文化网站”称号，是获奖的15个网站中唯一的综合性科普网站。

4月，CNNIC联合TWNIC、JPNIC、KRNIC制定的“中日韩多语种域名注册系统”被国际互联网技术标准制定组织IETF发布为RFC3743，这是中国历史上第二个IETF标准。

5月，计算机网络信息中心在北京主办了PRAGMA第六次会议。

6月，CSTNET承担全院的邮件系统的建立、迁移。

6月，CNNIC承担的“关于IPv6 DNS根服务器”的研究，项目鉴定部分成果达到了国际领先水平。

11月，中国科学院建立香港开放交换节点 HK IOEP（HK Light）。

12月21日，国家顶级域名服务器上海节点签约仪式在上海举行，这是我国重新部署国家顶级域名服务系统迈出的第一步，也是我国域名解析服务系统的一次战略性调整。

12月23日，CN服务器的IPv6地址成功登录到全球域名根服务器，支持IPv6网络用户的CN域名解析。

12月26日，CSTNET香港－日本千兆（Gigabit）线路正式开通并启动。